A 190 centiméterre megnőtt Novakovic nemcsak magasságával, gólerősségével is kiemelkedik a szlovén válogatottból, fontosabbnál fontosabb találatokkal hozzájárulva nemzete második vb-részvételéhez.

Egzotikus utat járt be a nemzetközi befutásig az ék: az Olimpija Ljubljana neveltjeként nem tudott bekerülni a profik közé 23 éves koráig sem, így aztán egy sikertelen klagenfurtos kaland után ausztriai „névtelen”, harmadosztályú csapatokban próbálkozott (DSG Klopeinersee, ASK Voitsberg), majd onnan kiemelkedve az első osztályú Mattersburgban és a LASK Linzben is jó ütemben termelte a gólokat.

2004-ben a bolgár Litex Lovecsbe igazolt, ahol befutott: első idényében megszerezte a bajnokság aranycipőjét 16 találattal. Ebben az évben a válogatottban is bemutatkozott, és azóta kiszoríthatatlan nemzeti csapatából, lévén messze legeredményesebb honfitársai közül. A következő idényben az első három mérkőzésen ugyanannyiszor talált be, de nem folytathatta remek sorozatát, mert a Bundesliga 2-es 1.FC Köln 1.4 millióért megvette.

Bemelegítésként 10 góllal jeleskedett, amit a következő idényben megduplázott, és ez ismét gólkirályi címet ért, nem mellesleg feljutást is. A legjobbak között már nem sziporkázott, ám találatai rendre pontot vagy pontokat értek a „kecskések” számára, ezért is csábította a Portsmouth és a Lokomotiv Moszkva. Egy rövid ideig csapatkapitánya is volt a kölnieknek: 2008 őszén Christoph Daum kinevezte, 2009 őszén Zvonimir Soldo jogfosztotta.

Egy tucatnyi vb-selejtezőn ötször rezgette meg az ellen hálóit, ezzel főszerepet vállalt a vb-szereplés kiharcolásában. Többször is sérülten lépett pályára, fájdalomcsillapítókkal teletömve.